我倒是遇到一个问题和你这很像。
我做的极速启动，需要外部去调用一个二进制文件执行部分命令。
一开始我采用的命令调用是
const file = _dirname + "/myfile" //二进制文件
exec(file + " "+arguments)
这种情况下我指定了二进制文件的路径为当前js的执行目录，实际打包后没办法运行(我推测是upx加载后释放到内存运行了)。
解决办法也很简单，释放这个二进制文件到临时目录去，然后使用getPath("temp")+"myfile"这样指定二进制文件路径执行。